В индексе вы сможете увидеть новые страницы, скорей всего, только после очередного АПа выдачи, а бот зашел-увидел-записал.

Да по времени уже раза 2 бот должен был новые страницы добавлять...

После АП Яв страници будут в индексе.

А почему такое происходит? Гугл уже 2 раза успел проиндексировать. Обычно, яндес-бот не сильно отстаёт.

У гугла и яндекса разные алгоритмы. Их роботы вообще не сопостовимы, например яндекс может проиндексировать твоих 1000 страниц, а гугл только 1-2, так и наоборот. Для каждого поисковика свои требования.

Как раз яндекс очень тормознутый в плане индексации, спасает Twitter. С гуглом таких проблем нету, для Яндекса нужно терпение.

может быть такой вариант, что ему не понравились эти страницы и поэтому он не хочет их брать в индекс

Яндек обычно медленнее индексирует, чем Гугл. И от статьи многое зависит. Я заметил, что если тема статьи слабо освещена в интернете, то она очень быстро попадает в поиск.
В других случаях робот изучает контент, тестирует его по-всякому на полезность.
Ведь выдать в поиск это одно, а как ранжировать статью - это другое. Но, конечно, по-всякому бывает.

Да чего там. Уже и mail, и bing, и rambler, и yahoo проиндексировали.