Может вылетели те ссылки которые не были в топе?

Пересмотрите еще раз, на своих ли местах все ваши запросы. У меня было такое - что из-за использования тизерной рекламы, все мои запросы ушли в самый конец поисковой выдачи. Сразу писал Платону, на что он сделал замечание на рекламу "для взрослых" - был я конечно шокирован. Сразу поуберал рекламу.

Да в рекламе часто бывает вся проблема. Я из-за этого перешел на контекст от гугла.

анализируйте статистику, смотрите откуда были переходы

Разместил 9 января Directadvert, с 9 на 10 произошла выдача по Яндексу и позиции по сей день снижаются. Может, это из-за рекламы?

из-за рекламы могли некоторые страницы удалить из индекса (тем более Яндекс), логически - переходы упали.

Есть такой алгоритм у яндекса, мне он нравится, называется "Вы последний, Сер!" Очень забавный алгоритм, вас переносят на миллионное место в конец. Для этого необходимо, первым делом поуберать сомнительную рекламу и опять таки, следить за уникальностью вашего контента.

Контент то таки у меня практически весь копирайт и добавляется каждый день.

Возможно это произошло в связи с праздниками. Люди Новый год отмечали. У меня тоже в это время, вплоть до 10 января серьезно снизилась посещаемость.
Если сейчас не восстановилась, значит другие страницы потеряли позиции (не те, что в топе).